上海自贸区注册物流行业有哪些优惠政策如下：

1、物流自贸区注册公司通常从事离岸服务外包业务所取得的收入，会免征营业税，其符合相关规定条件的现代物流企业也能享受试点物流企业按差额征收营业税。

2、物流自贸区注册公司物流链企业能够享受到百分之十五的所得税。

3、物流自贸区注册公司境外高端人才能够享受到个人所得税的减免。

4、物流自贸区注册公司能够进行申请跨境人民币贷款。

5、优惠政策五：物流自贸区注册公司只要能够认定为技术先进型服务企业，就能按照百分之十五的优惠税率征收企业所得税，其职工教育培训经费就会按不超过企业工资总额的百分之八比例在企业所得税前进行扣除。

6、物流自贸区注册公司能够获得综合项目试点项目扶持资金二百万到五千万元不等。

7、物流自贸区注册公司供应链管理合同纳入代理合同就无需贴花，也就是企业集团成立的供应链管理公司，如果与供应商签订框架采购协议或者供应商协议，那么就属于中华人民共和国印花税暂行条例应税管理范围。